ก่อนที่จะมีการค้นพบกระบวนการโคลนนิ่งเคียว คุซานางิ อิโอริได้ทราบข่าวของการจัดงาน KOF และเขาเริ่มสงสัยว่าคนที่ทำการโคลนนิ่งเคียวอาจจะอยู่ที่งาน KOF อิโอริลอบเข้าไปยังโกดังร้างที่ที่คริซาลิดกำลังต่อสู้กับทีมพระเอกใหม่และเคียว

หลังจากงานแข่ง KOF'99 สิ้นสุดลงก็ไม่มีใครทราบว่าอิโอริอยู่ที่ไหน แต่มีการสันนิษฐานว่าอิโอรินั้นอาจจะอยู่ในเซาท์ทาวน์ ต่อมาเมื่อมีข่าวการแข่งขัน KOF 2000 อิโอริก็มุ่งหมายที่จะหาโอกาสเพื่อต่อสู้กับเคียวอีกครั้ง

ปีถัดมา เซธได้เชิญอิโอริเพื่อมาร่วมทีมของเขาในการแข่งขัน KOF ครั้งต่อไป อิโอริสันนิษฐานว่าหากเขาได้ร่วมงานในครั้งนี้ก็อาจจะมีโอกาสได้พบกับเคียวก็ได้ อิโอริตกลงที่จะร่วมทีมกับเซธเพื่อเข้าแข่งขันและก็ขอเป็นผู้นำทีมเอง อย่างไรก็ตามในช่วงท้ายของการแข่งขัน อิโอริได้ร่วมมือกับ K', คูล่าและเคียวเพื่อที่จะโค่นอิกนิสที่สถานีอวกาศขนาดใหญ่ขององค์กร NESTS ภายหลังอิโอริรอดจากการที่สถานีอวกาศนั้นตกสู่พื้นโลก